V 19. století si bulharská menšina v Istanbulu prožívala svoje národní obrození. Bulhaři získali náboženskou nezávislost na ortodoxním patriarchovi a v roce 1849 si na břehu Zlatého rohu v místech mezi Balatem a Fenerem vystavěli dřevěný kostelík zasvěcený svatému Štěpánovi. Kostel byl zřízen díky Stefanu Bogodirimu (jediný křesťan od pádu Cařihradu, kterého sultán přijal ve svém domě), který získal povolení k výstavbě od sultána Abdülmecida. V roce 1870 zde byl přečten osmanský královský dekret, který zakládal bulharský exarchát (administrativní celek bulharská ortodoxní církev). Dřevěný kostel byl později zničen požárem a proto bylo rozhodnuto vystavět novou budovu.
Na místě starého kostela vznikla nová stavba, která je dosud k vidění. To, co je na ní ale výjimečného je materiál, z kterého byl nový kostel postaven. Pozemek se nachází na břehu moře a zdejší podloží je značně nestabilní. Výstavba budovy z klasických materiálů by vedla k tomu, že by stavba trpěla mechanickými poruchami zdiva. Osmanský architekt Housep Aznavour se proto rozhodl použít netypického materiálu – místo kamenných či cihlových bloků/cihel použít železné pláty. Výroba byla zadána rakouské společnosti R.Ph. Waagner, která v letech 1893-1896 odlila ve Vídni železné prefabrikáty vážící 500 tun. Tyto díly pak byly po Dunaji splaveny do Černého moře, odkud se po moři dostaly až do Istanbulu. Zde bylo vše smontováno dohromady pomocí šroubů a svařováním. 8.září 1898 byl kostel slavnostně otevřen exarchou Josefem.
Kostel má křížový půdorys s třemi dómy a celý interiér včetně sloupů, zástěn a balkonů je také vytvořen ze železa. Istanbulský železný kostel sv. Štěpána není světovou raritou. Britové po objevu výroby vlnitého plechu vyrobili řadu takovýchto staveb, které můžete dodnes najít ve Velké Británii či případně v koloniích (např. Austrálie). Nicméně tato stavba patří mezi významné kostely smontované z ocelových prefabrikátů.
Kostel stále slouží malé bulharské komunitě. Nemá oficiální otevírací hodiny a pokud se chcete podívat dovnitř, musíte sehnat kostelníka nebo přijít na nedělní mši. V roce 2013 začala nákladná rekonstrukce kostela, v jejímž průběhu není možné kostel navštívit.
